Сюжет игры разворачивается с окончанием четвертого сезона сериала «Доктор Кто?», и знакомством 11-го Доктора с Эмми Понд и Рори Уильямсом.

Краткое описание событий двухсерийного эпизода «Конец времени» (материал взят из Википедии):

Часть первая
Доктор прилетает на планету Уд-сфера, где узнаёт о том, что всем существам во Вселенной снится один и тот же человек — Мастер. Показав Доктору этот сон, уды дают ему предсказание о чьём-то возвращении и о конце времени как таковом. В панике, Доктор берёт курс на 24 декабря 2009 года к Люси Саксон, жене Мастера, но прибывает слишком поздно. Люси жертвует собой, чтобы помешать воскрешению своего мужа.
Вновь сумев выжить, Мастер начинает скрываться от Доктора. Его тело пронизывает энергия, из-за которой у него появляются новые способности, но она медленно убивает его. Встретив Доктора ночью на свалке, Мастер убеждается в том, что он не сумасшедший, и что его барабаны, бывшие с ним всю жизнь, существуют на самом деле. На свалке появляется отряд военных, которые ловят Мастера и привозят его в дом миллионера Джошуа Нейсмита. Он заставляет Мастера починить Врата Бессмертия, которые сделают его дочь, Абигейл, бессмертной. Но Мастеру удаётся перехитрить его, и спрятать во вратах коды, полностью меняющие структуры врат. Прибежавшие Доктор иУилфред не успевают остановить Мастера, и тот запускает врата, которые превращают всех людей на Земле в него. Они не подействовали лишь на двоих: на Уилфреда, который смог спрятаться в кабине, защищённой от действия врат, и на Донну, являющуюся наполовину человеком, наполовину повелителем времени.

Часть вторая
Эпизод начинается со флешбэка во Временной войне. Повелителям времени предсказывают, что их раса погибнет в сегодняшний день, и выживут лишь двое — Доктор и Мастер. Рассилон, президент повелителей времени, решает установить физический и временной контакт вместе с ними, чтобы вывести расу из Временной войны. Для этого он отправляет ритм четырёх ударов в Неукротимый вихрь в тот день, когда Мастер поступил в академию, а также Белоконечную звезду в канун Рождества 2009.
В это время Мастер обрёл полный контроль над всей Землей, и готовиться превратить её в военный корабль для захвата Вселенной. Доктор пытается уговорить его отказаться от этой идеи, но Мастер решает отследить источник своего барабанного боя с помощью шести миллиардов своих копий. Солдатом, наставившим по приказу Мастера оружие на Уилфреда, оказывается Розитер, инопланетянин расы винвочи. Вместе со своей подругой, мисс Адамс, он переместился с Доктором и Уилфредом на свой космический корабль.
На корабле Доктор отключил все системы питания, чтобы их не могли отследить с Земли. Вместе с Уилфредом они обсуждают, как спасти Землю, и Доктор признаётся, что не сможет убить Мастера ни при каких обстоятельствах. После этого с ним связывается Мастер, сообщающий о том, что на Землю упала «Белоконечная звезда», которую можно найти только на одной единственной планете — на Галлифрее. Доктор с ужасом понимает, что Мастер попытается вернуть повелителей времени, поэтому вновь включает корабль и возвращается на Землю, но слишком поздно.
Мастеру с помощью бриллианта удаётся сломать Временной Замок, тем самым вытащив повелителей времени,Галлифрей, и все ужасы войны Времени. Рассилон собирается разорвать Воронку Времени, освободить всех повелителей времени от физических тел и временных ограничений, уничтожив всё мироздание. Доктор должен остановить процесс с помощью пистолета Уилфреда. Убив Рассилона или Мастера, он вновь сможет запереть войну Времени. После долгих размышлений Доктор выстреливает в устройство с бриллиантом, которое также являлось нитью, удерживающей повелителей времени на Земле. Рассилон решает убить Доктора за содеянное, но Мастер, жертвуя собой, спасает его и убивает Рассилона, мстя за свою жизнь с барабанным боем.
Доктор остаётся жив, но тут же слышит как кто-то стучит четыре раза — звук, предвещающий его смерть. Этим человеком оказывается Уилфред, запертый в радиационной камере. Так как Мастер оставил включенным ядерный реактор, то излишки радиации попадают в это помещение, а выбраться из него можно, только если во второй камере запрётся другой человек. Доктор не хочет умирать, но он решает, что и так жил слишком долго, поэтому освобождает Уилфреда.
Пока не началась регенерация, он решает навестить всех своих спутников, с которыми путешествовал: Марту с Микки, Донну, Джекас Алонзо, Люка и Сару Джейн Смитов, а также навещает Розу до их первой встречи.
В конце эпизода Доктор заходит в ТАРДИС и вместе со последними словами «Я не хочу уходить» регенерирует в Одиннадцатого Доктора. Во время регенерации Доктор частично разрушает ТАРДИС.

----------

Данный проект предусматривает достаточно вольную интерпретацию дальнейшего развития событий. При регистрации и заполнении анкеты, у Вас есть возможность, как вписывать новых неканонических персонажей, так и «воскрешать» старых.